Op 16 januari 1941 werden de Maassluise Geuzen gearresteerd, een van de eerste verzetsgroepen in Nederland tijdens de Tweede Wereldoorlog. Ook werd Johannes Cunagondes van der Lee opgepakt. Hij werd vervolgens gevangen gehouden in het Oranjehotel in Scheveningen en daarna gedeporteerd naar het concentratiekamp Buchenwald.
In Maassluis is in december 2020 een monument opgericht, “De Maassluise Geuzen”, ter nagedachtenis aan de acht omgekomen verzetsleden. Veertien anderen, waaronder Johannes Cunagondes van der Lee keerden na de oorlog terug naar Maassluis.
Johannes Cunagondes van der Lee overleefde de oorlog en overleed in 1953. Zijn dochter Willemina van der Lee huwde in 1947 met Jacob Medik en is onder die naam terug te vinden in de administratie van de Nederlandse Vereniging van Ex-Politieke Gevangenen uit de bezettingstijd (Expogé), waaronder in de lidmaatschapsformulieren en donateursaanmeldingen.